בהערכה פנימית, בתי הספר מנהלים בעצמם את תהליכי ההערכה: אוספים מידע ממקורות שונים כמו מבחנים פנימיים או דרכי הערכה חלופיות, מנתחים את התוצאות ומקבלים החלטות לקידום ההוראה והלמידה על בסיס הנתונים שהתקבלו.
צוות מקצועי של משרד החינוך וראמ"ה, שבחן בשנת 2019 את שיטות ההערכה שנוהגות בבתי הספר בישראל, קבע שיש לחזק את תהליכי ההערכה הפנימית.

יש יתרונות רבים לתהליכי הערכה חיצונית, למשל באובייקטיביות והמהימנות הגבוהה שלהם, אך יש להם גם מספר חסרונות בולטים: הם מציגים תמונה חלקית של מצבם הלימודי של התלמידים, מנותקים מתהליכי הלמידה, גורמים למתח ולחץ בבתי הספר, ופוגעים בשגרת הלימודים בגלל ההכנות האינטנסיביות של בתי הספר למבחנים. לכן כדאי לשלב בבית הספר גם תהליכי הערכה פנימית.

בהערכה פנימית נוצרת זיקה בין תהליכי ההערכה והלמידה, ומתחזקת האחריות של צוות בית הספר על איכות ההוראה והישגי התלמידים. השותפות בביצוע תהליכי ההערכה מעודדת את הצוות לבחון את עצמו ולשפר את תפקודו, ובכך להביא לקידום איכות ההוראה והלמידה.